Ο Θανάσης Βακαλιός γεννήθηκε στο χωριό Εμμανουήλ Παπάς του νομού Σερρών. Σπούδασε φιλοσοφία και κοινωνιολογία στο πανεπιστήμιο Eotvos Lorand της Βουδαπέστης. Παράλληλα σπούδασε για δύο χρόνια αρχαία ελληνική λογοτεχνία και βυζαντινολογία στο "Ελληνικό Ινστιτούτο" του ίδιου πανεπιστημίου. Φέρει τον τίτλο του υποψηφίου διδάκτορα των ανθρωπιστικών επιστημών της Ουγγαρικής Ακαδημίας Επιστημών (1971) και του διδάκτορα φιλοσοφίας του πανεπιστημίου Eotvos Lorand (1973). Ως αναπληρωτής καθηγητής φιλοσοφίας δίδαξε θέματα φιλοσοφίας και κοινωνιολογίας στο Πολυτεχνείο Βουδαπέστης και σε άλλες πανεπιστημιακές σχολές της Ουγγαρίας. Το 1991 εκλέχτηκε αναπληρωτής καθηγητής κοινωνιολογίας του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης (Δ.Π.Θ.) και τρία χρόνια μετά τακτικός καθηγητής κοινωνιολογίας της εκπαίδευσης. Ανάπτυξε ευρεία ερευνητική δραστηριότητα ως κύριος ερευνητής και συντονιστής ερευνητικών προγραμμάτων. Είναι ομότιμος καθηγητής του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης.